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特殊物种的细胞因子不会选?攻克难题,判断种属交叉反应是关键!

发布时间:2020-07-31 14:51 |  点击次数:

 
细胞因子是由免疫细胞(淋巴细胞、单核-巨噬细胞等)和相关细胞(成纤维细胞、内皮细胞等)产生的调节细胞功能的高活性多功能多肽或蛋白质分子,通过结合细胞表面的相应受体发挥生物学作用。不同哺乳动物在进化过程中其分泌的细胞因子氨基酸序列存在差异,这就告诉我们在进行实验时需要选择对应种属的细胞因子。然而世界上的物种丰富多彩,从无脊柱动物到脊椎动物都可能有细胞因子的表达,而且各种动物都可能成为生物学家的研究对象,有时需要特定动物,如牛、狗、猫、鱼等的细胞因子来做实验,但是商品化的细胞因子多数是重组人、大鼠或小鼠的,针对特殊物种的重组细胞因子很难买到。那么如何确定重组人、大鼠或小鼠的细胞因子是否能用于培养特殊动物来源的细胞呢?攻克难题,判断种属之间的交叉反应是关键!
 

我们推荐通过以下途径来获得信息。

 
一、PeproTech的官方网站

▼ 01

在浏览器的地址栏输入:www.peprotech.com;

▼ 02

根据产品名称(如Recombinant Human VEGF165 )或产品编号(Cat#100-20)找到您需要了解的细胞因子;

▼ 03

点击该细胞因子的链接,向下翻动页面,找到“Cross Reactivity Cited in References (引自文献的交叉反应)”栏;

▼ 04

在“Cross Reactivity Cited in References (引自文献的交叉反应)”栏,可看到Recombinant Human VEGF165(Cat#100-20)已应用的种属,如鸡(Chicken)、牛(Cow)、豚鼠(Guinea Pig)、马(Horse)、人(Human) 、猪(Pig) 、兔(Rabbit)、大鼠 (Rat) 羊(Sheep)、鳟鱼(Trout) 和斑马鱼(Zebra Fish)等(见下图1)。

图1

▼ 05
点击相应种属链接如鳟鱼(Trout)(如上图1红色箭头所示),即可查得对应参考文献(见下图
2)。


图2

二、利用PubMed的BLAST工具

利用PubMed的BLAST工具,将已知种属细胞因子的氨基酸序列与PubMed数据库中您感兴趣的种属蛋白序列进行同源比对。一般来说,不同种属间蛋白同源性(序列一致性)高于80%时基本可确定为有交叉活性。我们以比对Recombinant Human EPO(Cat#100-64)与PubMed数据库中牛的EPO同源性为例,进行示范。

▼ 01

首先打开PubMed主页(https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/),向下翻动页面,找到BLAST入口(如下图3)。

图3
▼ 02
在Web BLAST栏选择Protein BLAST(如下图4)。
 
图4
 
▼ 03
在PeproTech官网输入100-64,点击该产品链接,找到Recombinant Human EPO的氨基酸序列(如下图5)。
图5
▼ 04
将该氨基酸序列,复制粘贴至氨基酸序列框(如下图6)。
图6
▼ 05
点击BLAST按键进行比对(如下图7)。
 
图7
▼ 06
比对速度因个人浏览器及网速不同会有所差异。此时比对的是数据库中的所有种属,可在筛选栏限定您感兴趣的种属进行查询。如在Organism栏输入Bos Taurus(牛的拉丁文名称),点击Filter键进行筛选(如下图8),即可迅速找到与牛EPO比对的Per Ident值为83.23%(如下图9)。说明已知的Recombinant Human EPO可以尝试应用于牛细胞培养。
 
图8
图9
注:筛选时一般需使用物种的拉丁文名进行限定,可根据下表一进行查询。
 
表一
如果您还有其他疑问,欢迎联系PeproTech中国代表处进行咨询。